《意见》在总结近年来安全生产实践经验的基础上，对安全生产理论做出了重大创新和发展。主要有六个理论创新点：
一是进一步确立了新时期安全生产工作的重要地位和作用。《意见》明确提出了安全生产的“三个事关”（即事关人民群众生命财产安全，事关改革开放、经济发展和社会稳定大局，事关党和政府形象和声誉）。其中，事关党和政府形象和声誉，进一步体现了胡锦涛总书记在十七届三中全会上提出的“能否实现安全发展，是对我们党执政能力的重大考验”的重要思想。《意见》还明确提出“必须始终把安全生产摆在经济社会发展重中之重的位置”。这都有助于我们从战略和全局的高度来充分认识安全生产的极端重要性。
二是进一步阐明了安全发展的深刻内涵。《意见》明确指出，要把安全真正作为发展的前提和基础，使经济社会发展切实建立在安全保障能力不断增强、劳动者生命安全和身体健康得到切实保障的基础之上，确保人民群众平安幸福地享有经济发展和社会进步的成果。对安全发展的内涵作出科学的阐释，有助于在全党全社会进一步凝聚安全发展共识，形成安全发展的合力。
三是提出衡量安全生产工作的基本标准。《意见》提出，要把坚持科学发展安全发展这一重要思想和理念落实到生产经营建设的每一个环节，使之成为衡量各行业领域、各生产经营单位安全生产工作的基本标准，自觉做到不安全不生产，实现安全与发展的有机统一。这一衡量标准的提出，对于深化安全生产的认识，从根本上提高安全生产水平，提出更高的要求。
四是进一步确认“事故易发期理论”。《意见》明确提出，我国正处于工业化、城镇化快速发展进程中，处于生产安全事故易发多发的高峰期。这样的表述，体现了中央在对现阶段安全生产规律的清醒认识和准确把握，也体现了实事求是的科学态度。在工业化进程中必然度过一个“事故易发期”，这是所有工业化国家都经历的一个不可逾越的历史阶段。把握这个规律性认识，有助于我们始终保持清醒的头脑，采取更加有力的政策措施，尽量缩短“易发期”进程，实现安全生产状况的根本好转。
五是提出大力实施安全发展战略。战略泛指统领性的、全局性的、左右胜败的谋略和对策。把安全发展作为一项战略来实施，这是中央在科学把握现阶段社会特征和安全生产规律基础上，有效应对新情况新问题，而作出的重大决策。《意见》在确认“事故易发期理论”的基础上，明确提出，安全生产工作既要解决长期积累的深层次、结构性和区域性问题，又要应对不断出现的新情况、新问题，根本出路在于坚持科学发展安全发展。为此，《意见》在指导思想中明确提出“大力实施安全发展战略”。
六是进一步完善了安全生产的宏观思路。《意见》站在大力实施安全发展战略的高度，明确了安全生产工作的指导思想，提出四条基本原则，即统筹兼顾、协调发展；依法治安、综合治理；突出预防、落实责任；依靠科技、创新管理。这些原则，既体现了党的安全生产方针的基本要求，又切中安全生产的主要矛盾和问题，具有很强的针对性和指导性，是带有规律性的理论概括。